| 1 | mtsn 1 batam | jl. golden prawn bengkong - batam | bengkong laut |
| 2 | mtsn 2 batam | jl. hang lekiu no. 2 | tanjung sari |
| 3 | mtss al jabar | jl. raya al jabar no.2 | - |
| 4 | mtss al marhamah | jln. perkampungan muslim melayu setokok | setokok |
| 5 | mtss al mukarramah | bulang lintang | - |
| 6 | mtss al muttaqin | jalan tanjung tritip rt 03 rw 07 nomor 30 | tanjung uma |
| 7 | mtss al ukhuwah | komp. al hikmah kav. bukit kamboja | batu aji |
| 8 | mtss al-madinah | jl. sagulung jaya | sei pelunggut |
| 9 | mtss batamiyah | kampung bagan rt./rw. 01/08 | tanjung piayu |
| 10 | mtss bina ummah | jl. rss komplek pondok pesantren bina ummah | kibing |
| 11 | mtss darul falah | jl. hang tuah rt.03 rw.1 batu besar | - |
| 12 | mtss darul ihsan | jl. tammalatea tg. sengkuang | tanjung sengkuang |
| 13 | mtss darurrahman | sijantung | - |
| 14 | mtss iskandar muda | jl masjid raya baiturrahman | sungai harapan |
| 15 | mtss islamic centre nahdlatul wathan | jl. kh ahmad dahlan kampung bukit rt 01 rw 06 | - |
| 16 | mtss ma arif ya husnaya | perum kendal sari sei temiang | tanjung riau |
| 17 | mtss manba ul hidayah | kavling senjulung rt 04 rw 10 | - |
| 18 | mtss nurul huda nahdlatul wathan | jl. bathin yahya | tanjung riau |
| 19 | mtss nurul iman | mongkol | - |
| 20 | mtss raudlatul qur`an | bida ayu blok. s no. 153 | tanjung piayu |
| 21 | mtss sagulung | jl. brigjen katamso no.10 sagulung | - |