| 1 | mts muhammadiyah 1 | abdul wahab syahranie rt.25 | air hitam |
| 2 | mtsn samarinda | jl. harmonika no. 100 | sidodamai |
| 3 | mtss al arsyadi | jl. kurnia makmur h. baru | - |
| 4 | mtss al azhar | jl. m. said rt. 12 loa bahu | - |
| 5 | mtss al jawahir | jl. purwodadi rt. 09 | - |
| 6 | mtss al kautsar | jl. angklung no. 35 | - |
| 7 | mtss al misra | jl. embun suryana sambutan | - |
| 8 | mtss al muna | jl. ulin gg. 5 rt, 27 | - |
| 9 | mtss al-mujahidin | jl. p. untung suropati rt. 31karang asam | - |
| 10 | mtss al-mujahidin 2 | jl. kh. harun nafsi gg. darma | rapak dalam |
| 11 | mtss an nur | jl. kebun raya samarinda rt.8 | - |
| 12 | mtss antasari | jl. pangeran antasari no. 4 | - |
| 13 | mtss ash shabirin | jl. h. abd. sani gani | sungai keledang |
| 14 | mtss at taqwa | jl. kurnia makmur harapan baru | - |
| 15 | mtss darul fata | jl. plamboyan rt.9 loa buah | - |
| 16 | mtss darul ihsan | jl. siti aisyah | - |
| 17 | mtss darul muta allimin | jl. mas penghulu gg.3 rt. 08 | mesjid |
| 18 | mtss darussalam | jln. kh wahid hasyim ii rt. 07 no. 09 | sempaja timur |
| 19 | mtss ddi tani aman | jl. soekarno hatta km. 2. rt. 10 kel. tani aman | mesjid |
| 20 | mtss ihya ulumuddin | jl. sentosa dalam viii | - |
| 21 | mtss ittihad | jl. kh. hasyim asyari | samarinda utara |
| 22 | mtss labbaika | jl. kh. harun nafsi no. 71 | - |
| 23 | mtss lukmanul hakim | jl. perjuangan rt. 01/ no. 22 | sempaja selatan |
| 24 | mtss ma arif nu 1 | jl. pasundan rt.02 | sindang sari |
| 25 | mtss noor iman | jl. kesehatan dalam no.120 a | - |
| 26 | mtss normal islam | jl. kh. ahmad dahlan no. 02 | - |
| 27 | mtss nurul islam | jl. masjid rt. 30 | - |
| 28 | mtss nurul islamiyah | jl. sultan alimuddin gg. beringin rt. 02 no. 44 | sambutan |
| 29 | mtss sabilal muhtadin | jl. jakarta blok d loa bakung | - |
| 30 | mtss sabilarrasyad | jl. m. said rt. 17 | - |
| 31 | mtss sulaiman yasin | jl. lambung mangkuran gg. 6 no. 38 | - |
| 32 | mtss teknologi mic | jl. manunggal bukit durian | teluk lerong ilir |